¿Puedo proteger con contraseña mis archivos de proyecto?

Sí, en Merlin Project. Esto se controla mediante los recursos contenidos en un fichero de proyecto. Sólo tiene que declarar un recurso como usuario (activando su opción'es usuario') y podrá definir una contraseña y/o permisos de acceso.

Cuando se abre un archivo de proyecto protegido por contraseña en Merlin Project o Merlin Project Express, solicita el nombre del recurso de usuario y la contraseña especificada.